乾隆统治初期，在驻藏大臣和拉藏汗旧部颇罗鼐的治理下，西藏的形势稳定。乾隆四年（1739），下谕晋封颇罗鼐为郡王。颇罗鼐拥兵数万，总理藏务，其子孙世袭王爵，世掌藏事，成为名符其实的“藏王”。
乾隆十二年（1747），颇罗鼐病故，帝谕其子珠尔默特那木扎勒袭郡王爵，总理藏卫事务。珠尔默特那木扎勒与达赖不和，且仇恨驻藏大臣和驻兵。他袭杀了忠于中央政府的哥哥珠尔默特策布登，阴谋驱逐驻藏大臣、孤立达赖喇嘛，实现割据为王的野心。乾隆十五年（1750）十月十三日，驻藏大臣傅清、拉布敦以宣读圣旨为名召珠尔默特那木扎勒，在其接诏跪拜的时候，从后面诛杀了他。但由于手下只有百余人，寡不敌众，两位驻藏大臣被贼党包围为国捐躯。乾隆得到消息后，命策楞、岳钟琪率军入藏平叛，当清军攻进拉萨时，达赖喇嘛的卫队在西藏僧俗的协助支持下，平定了这次叛乱。
这一事件促使清政府对西藏的政策进行了较大调整。乾隆下令废除“汗王制”，实行驻藏大臣、达赖、班禅“互参制”，并建立了此后二百年相沿不替的噶厦政府。设噶伦（噶布伦、噶卜伦）四人，受驻藏大臣及达赖喇嘛管辖，办理一切行政事务。提高了驻藏大臣的地位与职权，并维护了达赖喇嘛的政教地位，提高了中央对西藏事务直接控制的权力。
乾隆五十三年（1788），廓尔喀侵略军开始入侵西藏。西藏各负责人畏难怕事，向廓尔喀纳银赎地求和。并假造廓尔喀投降的捷音奏告乾隆皇帝。第一次中廓之战于乾隆五十四年（1789）正式结束。乾隆五十七年（1792），乾隆派遣嘉勇公福康安为将军，统率满、汉、藏、蒙等各族军队万余人入藏，快便彻底击败了侵略军。
乾隆在驱逐廓尔喀侵略势力出藏后，又推行了一系列制度上的改革。乾隆五十七年（1792）颁行“金奔巴掣签制”。原来达赖、班禅和大小呼图克图的“灵童”转世时，经常操纵在一批反动的大农奴主手里。他们擅权行私、欺骗中央，随意指认本族亲贵为“灵童”，成为内争不休和产生祸乱的根源。
乾隆总结了经验教训，决定在拉萨大招寺内供存一尊金奔巴瓶，当达赖、班禅和其他大小活佛前绝后继时，把呈报出的灵童，指出数名，由驻藏大臣将其姓名、出生年月日，用满、汉、藏三种文字书于签上，放进金奔巴瓶内，诵经七日，然后在驻藏大臣的监督下抽签决定，再呈报皇帝批准，才能有效。这样，就解决了大农奴主操纵达赖、班禅等转世的问题，加强了中央政府对西藏的控制。
乾隆五十八年（1793），又颁布了《钦定西藏善后章程》共分二十九条，详细规定了中央政府拥有管辖西藏的政治、宗教、经济、军事、司法等方面的最高权力。通过《钦定西藏善后章程》的实行，乾隆对西藏的各种制度实行了一次全面改革。从此，达赖、班禅继承人的确定权掌握在中央政府手中，西藏地方与中央政府的关系更加紧密。
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