1652年（顺治九年），已经征服了西伯利亚全境的俄国人东入黑龙江，在乌扎拉村于与宁古塔驻防军交战。这是发生在中俄之间的第一场战斗。1657年，沙俄正规军在尼布楚河与石勒喀河合流处建立了雅克萨城与尼布楚城。之后中俄之间外交、军事冲突便接连不断。1685年，康熙帝平定了三藩之乱以后，派军前往雅克萨。5月22日，将军彭春从瑷珲起兵五千人，于5月25日攻入雅克萨。可是等到清军撤军之后，俄军便又卷土重来了。1686年，清军再次攻打雅克萨并围城。1689年9月7日（康熙二十八年七月二十四日），俄罗斯全权代表陆军大将费耀多罗·戈洛文伯爵和清政府全权代表领侍卫内大臣索额图、国舅佟国纲在尼布楚（现俄罗斯涅尔琴斯克）签定《尼布楚条约》（俄方称涅尔琴斯克条约）.这是大清帝国和俄罗斯帝国之间签定的第一份边界条约，也是清政府跟西方国家签订的第一份条约。条款如下：
一、从黑龙江支流格尔必齐河到外兴安岭直到海，岭南属于中国，岭北属于俄罗斯。西以额尔古纳河为界，南属中国，北属俄国，额尔古纳河南岸之黑里勒克河口诸房舍，应悉迁移于北岸；
二、雅克萨地方属于中国，拆毁雅克萨城，俄人迁回俄境。两国猎户人等不得擅自越境，否则捕拿问罪。十数人以上集体越境须报闻两国皇帝，依罪处以死刑；
三、此约订定以前所有一切事情，永作罢论。自两国永好已定之日起，嗣后有逃亡者，各不收纳，并应械系遣还。
四、双方在对方国家的侨民“悉听如旧”。
五、两国人带有往来文票的，允许其边境贸易；
六、和好已定，两国永敦睦谊，自来边境一切争执永予废除，倘各严守约章，争端无自而起。
条约有满文、俄文、拉丁文三种文本，以拉丁文为准，并勒石立碑。此条约以外兴安岭和额尔古纳河为界划分两国边界，但没有确定兴安岭和乌第河之间地区的归属。
1693年，俄国派使节前来觐见，要求通商，由于俄国使节行三跪九叩礼，康熙帝很高兴，特别准许俄国在北京建俄馆，每三年可以派两百人商队入京逗留八十天，其他国家不得享受此待遇。
中国称此条约为“清朝做了让步的平等条约”，但也有一部分人认为，中国在该条约中放弃了从额尔古纳河到贝加尔湖的领土，该条约实际上不利于中国，是不平等的条约。在尼布楚会议上，清朝代表提出的第一方案是以勒拿河至北冰洋为界的，继而让步提出了即以外兴安岭的北支（诺斯山）直至亚洲大陆最东北的没入大海深处的诺斯海岬（即楚科奇半岛）为界的第二方案。之后由于种种原因再次让步，放弃了第二方案和这几百万平方公里土地，甚至连以贝加尔湖为界的第三方案也放弃了。最后以额尔古纳河至外兴安岭至乌第河为界，西伯利亚那片辽阔富饶的土地从此归俄国所有了。俄罗斯（包括苏联时期）则称此条约为“不平等条约”，据此条约，俄国失去了鄂霍次克海，并声称俄罗斯在《瑷珲条约》中收复了在《尼布楚条约》中被中国人强占的失地。1858年的瑷珲条约和1860年的北京条约取代此条约，确立了俄国和中国的现代疆界。
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