雍正帝即位之后，年羹尧成为新政权的核心人物，被视作社稷重臣。他身处边陲，不仅在涉及西部的一切问题上大权独揽，而且还一直奉命直接参与朝政。雍正还希望他们彼此做个千古君臣知遇榜样。然而到了最后，为何雍正帝却杀了年羹尧呢？
雍正对年羹尧的宠信到了无以复加的地步，年羹尧所受的恩遇之隆，也是古来人臣极少有能相匹的。对于政务方面的事情，雍正帝常征求采纳年羹尧的意见，在用人和吏治方面，也给了年羹尧极大的权力。在生活上，年羹尧的手腕、臂膀有疾及妻子得病，雍正帝都再三垂询，赐送药品。雍正帝也时常以手谕告知年羹尧父亲在京情况，年贵妃以及她所生的皇子福惠的身体状况。赏赐美食珍宝玩物更是常事，一次赐给年羹尧荔枝，为保存鲜美，雍正帝令驿站六天内从京师送到西安，此待遇堪与杨贵妃相比。
年羹尧的失宠和被整肃是在雍正二年（l724年）十月，这是年羹尧第二次进京陛见，在赴京途中，他令总督李维钧、巡抚范时捷等跪道迎送。到京时，黄缰紫骝，郊迎的王公以下官员跪接，年羹尧安然坐在马上行过，看都不看一眼。王公大臣下马向他问候，他也只是点点头而已……在封建时代最注重名分，君臣大义是不可违背的，做臣子的就要恪守为臣之道，不要做超越本分的事情。事实上正是由于雍正帝宠信过分，赞誉过高，征询过多，致使年羹尧权力膨胀。而年羹尧骄横傲慢，忘乎所以，不守臣节，则渐渐引起了群臣的侧目和雍正帝的警觉和不满，终于下决心惩治年羹尧。
客观地看，年羹尧一直是忠于雍正帝的，甚至到了最后关头也一直对雍正帝抱有很大幻想。在被革川陕总督赴杭州将军任的途中，年羹尧幻想雍正帝会改变决定，因而逗留在江苏仪征，观望不前，结果这反使雍正帝非常恼怒。直至年羹尧接到自裁的谕令，他也一直迟迟不肯动手，还在幻想雍正帝会下旨赦免他。但雍正帝已经下定决心，认为使其自裁保全名节已经是格外开恩了。
雍正并不惧怕年羹尧反，知道年羹尧是反叛不了的。雍正一步步整治年羹尧，而年也只能俯首就范，没有丝毫反抗甚至防卫的能力，只有幻想雍正能看着旧日的情分而法外施恩。雍正曾说：“朕之不防年羹尧，非不为也，实有所不必也。”至于年羹尧图谋不轨之事，明显是给年罗织的罪名，既不能表示年要造反，也不能说明雍正真相信他要谋反。
还有一种观点认为，年羹尧参与了雍正夺位的活动，雍正即位后反遭猜忌以至被杀。不只是野史，一些学者也这么看。雍正帝登基之初，对年羹尧大加恩赏，实际上是欲擒故纵，待时机成熟，即罗织罪名，处死年羹尧这个知情之人。
抛开雍正帝除掉年羹尧的真正动因，就年羹尧自身而言，他的死确实有点咎由自取。他自恃功高，妄自尊大，擅作威福，贪赃受贿，植党营私，不知到谦逊自保，不恪守为臣之道，已为舆论、国法所不容，更为雍正帝所忌恨。这就犯了功臣的大忌，势必难以善终。
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