康熙四年（1665），康熙帝下令征集《明史》资料，康熙二十一年（1682），修撰《明史》被正式纳入了国家重要议事日程，由满汉大学士共四人负责《明史》的编撰工作。
康熙对修《明史》工作特别重视，把这看作清朝不可推卸的责任。到康熙六十一年（1722），已完成了三百一十卷的全稿，为雍正和乾隆两朝的完稿奠定了坚实的基础。
《明史》纂修时间很长，最早从顺治二年（1645）开局，至乾隆四年（1739）定稿，历九十五年，经四朝，中间是有间断，但主要工作是在康熙年间完成的。
《明史》尽管有较高的史料价值，又称“最为完善”之作。但它作为一部官修的正史，其缺点也是显而易见的。《明史》三百卷之多，虽经修纂日久，失误之处在所难免，而《明史》中真正失漏之处不仅在此，而在其刻意隐蔽历史真相。
清初修《明史》，所以有须隐没之事实，即在于清与明本身的关系。其所隐没的主要有两个方面：一是隐没清在建国之前曾臣服于明朝的事实；二是隐没清入关之后南明诸朝廷（弘光、隆武、绍武、永历……）等长达20多年的历史。
说到清初修史的避讳，必须要提一下清初的文字狱。清初著名文字狱《庄氏史案》，罹祸者至七十余人，其实本里面并没有讪谤清室的语言，关键在于提到清兵入关的事，迹未加避讳而直接用“夷氛”、“夷寇”、“奴酋（努儿哈赤）”这些字。而于李成梁传中，称努尔哈赤为成梁所豢养：“已而并杀教场及他矢于阿台城下。他矢子便是清太祖，以幼得不死，留置帐下。”这是清廷最忌讳的事情，庄氏以及其他修史的人全部因此遭大祸。
涉及南明诸帝的著名文字狱有戴名世《南山集》狱。戴名世着《南山集》，用南明永历年号，以存明朝统绪，论斩。所有为《南山集》作序的人，如方苞等数十人，全部受到株连。
隐讳史实固然是《明史》一大缺失，又是必然结果。由上面两大文字狱案可知清廷这两大避讳是触及不得的。史官如何敢冒杀身之祸而写其事实呢？就算有人写了，以清初文禁之严，又怎么能下只言片语于官修史书之中呢？
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