清朝时蒙古分为漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古三个部分。除了漠南蒙古早已归属清朝外，其他两部也都臣服了清朝。自从噶尔丹统治准噶尔部以后，他野心勃勃，先兼并了漠西蒙古的其他部落，又向东进攻漠北蒙古。几十万的漠北蒙古人逃到漠南，请求清朝政府保护。康熙派使者到噶尔丹那里，要求他把侵占的地方还给漠北蒙古。噶尔丹自以为有沙俄撑腰，十分骄横，不但不肯退兵，还以追击漠北蒙古为名，大举进犯漠南。
由于形势紧急，康熙决定亲征噶尔丹。公元l690年，康熙分兵两路：左路由抚远大将军福全率领，出古北口；右路由安北大将军常宁率领，出喜峰口，康熙亲自带兵在后面指挥。右路清军先接触到噶尔丹军，吃了败仗。噶尔丹长驱直人，一直打到离北京只有七百里的乌兰布通（今内蒙古昭乌达盟克什克腾旗）.康熙命令左军统帅福全反击。叛军被杀得七零八落，纷纷丢了营寨逃走。噶尔丹一看形势不利，带了残兵逃到漠北去了。
公元l694年，康熙约噶尔丹会见，订立盟约。噶尔丹不但不来，还暗地派人到漠南煽动叛乱。他扬言他们已经向沙俄政府借到鸟枪兵六万，将大举进攻。
公元l696年，康熙第二次亲征，分三路出击：黑龙江将军萨布素从东路进兵；大将军费扬古率陕西、甘肃的兵，从西路出兵，截击噶尔丹的后路；康熙亲自带中路军，从独石口出发。三路大军约定时期夹攻。
康熙的中路军到了科图，遇到了敌军前锋，但东西两路还没有到达。这时候，有人传说沙俄将要出兵帮助噶尔丹，随行的一些大臣劝康熙班师回北京。康熙气愤地说：“朕这次出征，没有见到叛贼就退兵，怎么向天下人交代？”当下，康熙决定继续进兵克鲁伦河，并且派使者去见噶尔丹，告诉他康熙亲征的消息。噶尔丹在山头一望，见到康熙黄旗飘扬，军容整齐，连夜拔营撤退。
康熙一面派兵追击，一面赶快通知西路军大将费扬古，要他们在半路上截击。噶尔丹带兵奔走了五天五夜，到了昭莫多（在今蒙古人民共和国乌兰巴托东南）正好遇到费扬古军。最终叛军死的死，降的降，噶尔丹只带了几十名骑兵脱逃。
经过两次大战，噶尔丹叛乱集团土崩瓦解。康熙要噶尔丹投降，但是噶尔丹仍然继续顽抗。隔了一年，康熙又带兵渡过黄河亲征。这时候，噶尔丹原来的根据地伊犁已经被他侄几策妄阿那布坦占领；他的左右亲信听说清军来到，也纷纷投降，愿意做清军的向导。噶尔丹走投无路，只得服毒自杀。
清政府重新控制了阿尔泰山以东的漠北蒙古，给当地蒙古贵族各种封号和官职。清政府又在乌里雅苏台设立将军，统辖漠北蒙古。
后来，噶尔丹的侄子策妄阿那布坦攻占西藏。公元l720年，康熙又派兵远征西藏，驱逐了策妄阿那布坦，护送达赖喇嘛六世进藏。清政府又在拉萨设置驻藏大臣，代表中央政府同达赖、班禅共同管理西藏。
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