皇太极即汗位后，改变努尔哈赤对汉人的政策，不再把被征服地区的汉人编入满洲八旗人家为奴，编庄别居，由投降过来的原明朝官员或后金提拔的汉人官员来管理。最初，是将这些汉人编成牛录，隶于满族八旗之内。而真正汉军八旗的形成则与清初“三顺王”即恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明、智顺王尚可喜的投降有密切关系。
明崇祯二年（1629）袁崇焕计杀毛文龙之后，虽任命了新的东江主帅，但实际上毛文龙势力已经瓦解。毛文龙部下孔有德、耿仲明均为辽东人，是毛文龙的亲信将领。毛文龙被杀后，两人于天聪七年（1633）五月，决计投顺后金。皇太极得知后，立即派范文程、刚林与济尔哈朗等率兵接应。当时孔、耿带领将官、精壮官兵、家属、水手壮丁等，再加上枪炮等兵器，载船数百艘，历尽艰幸，由金兵护送到辽阳。随后，孔、耿来到沈阳进见皇太极。当他们来到沈阳城外后，皇太极在浑河岸边亲自迎接，为他们举行了隆重的欢迎宴会。封孔有德为都元帅、耿仲明为总兵官，赐与敕印。
天聪七年（1633）十月，原毛文龙部下明广鹿岛副将尚可喜派人来与后金约降。第二年正月，尚可喜携部下及眷属3500余人归顺。至此，毛文龙部下的势力大部分已归服后金。
孔有德、耿仲明、尚可喜率众归服，给后金带来了巨大的政治影响。皇太极把孔、耿的部队命名为“天佑军”，尚可喜的部队命名为“天助军”，而且规定了旗色，孔、耿部队的旗帜为“白镶皂”（白旗镶黑边），尚可喜部队的旗帜“于皂旗中用白圆心为饰”。后又规定孔、耿与八和硕贝勒同列一班，获得同八旗旗主一样的地位，实际上等于新设两旗汉军，孔、耿、尚为旗主。可以认为，“三顺王”来归，是皇太极编制汉军八旗之始。孔、耿归顺不久，即天聪七年（1633）七月，皇太极令从满洲各旗抽取汉人，规定凡各户内有汉人十丁者，抽兵一人，共得l580人，组成一旗汉军，由汉官马光远统领，旗帜用黑色。这是皇太极组成汉军的开始。随着军队的发展，崇德二年（1637），即皇太极称帝改后金为大清的第二年，又把汉军旗分为两旗。崇德七年（l642），把汉军扩为八旗。至此，汉军八旗正式出现，成为清朝三军之一．所使用的旗帜和满洲、蒙古相一致，即正黄、镶黄，正白、镶白，正红、镶红，正蓝、镶蓝。由于汉军编成八旗，所有旗下成员都是汉人，也称汉军旗人。
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