清朝同中国历史上的其它朝代一样，本来是没有法定的国旗的。近代以后，随着清朝与西方国家的交往，清朝逐渐引入西方国家的一些概念，其中就包括国旗。
鸦片战争后，随着西方列强的侵入，使得原本实施闭关政策的清王朝同各西方列强的交往日益增多。李鸿章在同西方列强谈判、签约、通商、互派外交人员等外交活动中，看到西方列国庄严悬挂国旗，而中国却没有旗可挂，觉得有失天朝威仪。于是上奏慈禧太后，提出在外交场合中需要有代表大清国的旗帜，请求颁制国旗。慈禧命李鸿章负责设计图案，经过多方征集筛选，李鸿章上呈了八卦旗、黄龙旗、麒麟旗、虎豹旗等多种方案，最终决定使用黄龙旗为大清国国旗。
黄龙旗最初用于北洋水师的军旗，同治元年（1862），由于军舰必须悬有政府的旗号以供辨识，清廷以“三角黄龙旗”做为官船的旗号。光绪七年（1881），在英国定购的“扬威”、“超勇”两艘巡洋舰回国后，由于三角形的旗与西方各国军舰上的国旗都不同，为和国际接轨，李鸿章经清廷批准制定了北洋水师军旗的质地、章色，并将黄龙旗改为长方型。
光绪十四年（1888），《北洋海军章程》颁布与确认本为海军旗的“黄底蓝龙戏红珠图”为大清国旗，即俗称的“黄龙旗”。
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