内阁与六部： 内阁是中央最高行政机构，设内阁大学士4人(满、汉各2人)，协办大学士满、汉各1人、学士满6人、汉4人。六部是中央政府的执行机关，各部皆设尚书为长官，左、右侍郎为副长官，俱满、汉各1人。所属各司长官为郎中，副长官为员外郎。
议政王大臣会议和军机处： 它们是清代真正的最高权力机构。清初，军国大政，皆交由议政王大臣会议决定，成员完全是满人，汉人不得参预。康熙时，为削弱内阁和议政王大臣会议的权力，在宫内设南书房，负责拟写皇帝谕旨。雍正时始设军机处，取代议政王大臣会议，剥夺了诸王预政的权力。军机大臣由皇帝在满、汉大学士及各部尚书、侍郎中选定，下设章京等官，从六部员司和内阁中书里选用或从中央机关调用。章京也是满、汉各两班，每班8人，一人领班。
理藩院： 管理少数民族事务的中央机构，其编制与六部同，正副长官亦称尚书、侍郎，全由满、蒙人担任，汉人不得参预。
都察院负责监察、弹劾官吏，长官为左都御史，满、汉各一人，副长官为左副都御史，满、汉各二人。大理寺为最高法院，正副长官为寺卿和少卿，满、汉各一人。通政司掌收受各省题本及臣民密封申诉件，设通政使、副使、参议，俱满、汉各一人。
此外，有翰林院 (御用秘书)、詹事府 (皇帝文学侍从)、国子监 (最高学府)、钦天监 (掌天文历法)、宗人府 (掌皇族)、内务府 (宫中之事)、太常寺 (掌祭祀)、光禄寺 (外廷宴会)、鸿胪寺 (殿廷礼仪)、太仆寺 (马政)、太医院 (为皇族医院)，各寺、府、院设有卿、少卿，满、汉各一人。
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