大西军失败后，从中南战场撤到荆襄和川东的大顺军余部，在郝摇旗、刘体纯、袁宗第、李来亨的率领下，与当地原明朝的军官联合起来抗清，称“夔东十三家军”，公推刘体纯为首领。
刘体纯驻军于巴东，袁宗第驻军于大昌 (巫山县北)，贺珍驻军于大宁 (巫溪县)，这三人称西线。郝摇旗驻军于房县，占有保康、竹山、竹溪，称北线。李来亨驻军于归州、兴山，以茅麓山为中心，称东线。原明朝军官谭文三兄弟和王光兴控制靖江以南少数民族地区，势力达西南到利川一带。在他们周围还团结了当地各阶层的抗清武装。
十三家军从战争中吸取经验教训，认识到根据地的重要性。他们在山区招集逃亡百姓，开垦荒地，发展生产，革除苛捐杂税，特别是李来亨在其管区内，人民公平交易，安居乐业，得到人民的拥护。人民纷纷参军，部队很快发展到几十万人。顺治八年 (1651年) 以后，十三家军经常主动出击，曾攻占襄阳、彝陵、归州、宜昌等地。顺治十五年 (1658年) 到十六年 (1659年)，先后两次进攻重庆，后因谭宏、谭诣杀死谭文降清使农民军半途而废。
大西军失败和南明王朝复灭，使清统治者有余力来进攻十三家军，他们用川陕总督李国英 “合营进剿” 的战略夹击十三家军，经一年多时间，刘体纯、郝摇旗、袁宗第先后牺牲，剩下李来亨艰苦抗清屡败清军，一直坚持到康熙三年 (1664年) 九月。终因叛徒引兵偷袭，而全家自焚于兴山县的茅麓山上，3万将士，除百余人被俘外，无一人投降，表现了农民军坚毅不屈的反阶级压迫和民族压迫的斗争精神。
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