皇太极与多尔衮有着太多的恩怨，多尔衮是清太祖努尔哈赤的第十四子，据传努尔哈赤生前很喜欢他，曾有意让他继承自己的汗位。公元l626年，努尔哈赤去世，多尔衮的母亲被逼殉死，而此时多尔衮还不满15岁，当然无力争夺汗位。成年后的多尔衮一直对皇太极很是不满，但碍于皇太极是其同父异母的兄长又是皇上，所以也不敢犯上作乱。而另一面多尔衮又是一位难得的将领，作战勇猛，杀敌无数，加之其时皇太极与明朝暗中发力，皇太极需要像多尔衮这样的帅才，久而久之，皇太极觉得让他为自己打江山比杀掉他要好得多。
崇德四年（l639）二月，皇太极投入十余万兵力发动松锦大战。锦州城是辽西的重镇，皇太极视此役为其一统华夏的生死之战。此役由多尔衮亲自挂帅，动用大军围困锦州城，他的战略意图是重兵围攻锦州，断绝锦州的外部通道，直到锦州城投降。守卫锦州的总兵祖大寿是袁崇焕手下的一员骁将，指挥军民坚守城关。关于此战的战术运用和想法，皇太极已对围城兵士将领作了详细说明，尤其叮嘱过主帅多尔衮，但多尔衮不愿意强攻，经和皇太极的儿子豪格商量，决定让兵士和军官轮流回沈阳探亲，一次每一编队放五人回家，每个旗放副首领一名回家。
兵士回家营中兵员减少，多尔衮担心祖大寿出兵劫营，就下令全军从现有包围圈后退三十里安营，这下激怒了皇太极，他即刻命令兵部参政谭拜率兵替换多尔衮军队，令多尔衮军驻扎辽河，没他的亲令不准进入沈阳。
多尔衮见皇太极雷霆大发，只好驻军辽河。之后皇太极派范文程等人分别训斥多尔衮不听命令擅自让兵士回家，又定了不加劝谏的豪格的罪，此事件共牵涉包括阿巴泰在内等十余将领。后多尔衮上书申诉让兵士回家是为了修治盔甲、器械，屯兵养马，皇太极听后大怒道：“这是巧言强辩，有了过错不知改正还敢欺骗朕，让他们自己议罪好了。”范文程面见多尔衮后传达了皇太极的谕旨。多尔衮看出了皇太极心思，便对范支程说：“我不逼迫众兵攻打锦州城，反而遣兵回乡探亲，违抗了圣旨，耽误了攻克锦州的日期。我是总理兵权的主帅，发号令的人是我，遣兵回乡的人也是我，按军法，违抗圣旨者罪该当斩。”皇太极想借机除去这个劲敌，但他的儿子豪格也说：“睿亲王是王，我也是王，只是睿亲王是我叔叔，才总握兵权，但他制定的作战计划也和我有关，所以我也当死。”皇太极只能免了多尔衮的死罪，把多尔衮降为郡王，从此不让他议政带兵，以示惩戒。
一个月之后，皇太极重新启用多尔衮。经过上一次的打击，多尔衮变得服贴了不少．皇太极在处理与多尔衮关系这一问题上曾说“我们既是兄弟，更是君臣”的话，从这一事件中也可以看出皇太极深谙用兵之道，更能熟练处理朝野上下各种错综复杂的人脉关系，他懂得如何利用手中的皇权使身边的人臣服于他。
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