同治十三年（1875）一月十二日，年仅十九岁的同治帝病逝了，他是清朝十二个皇帝当中寿命最短的一个。关于同治帝的死因有着不同的说法：
一种是民间说法，认为同治帝是死于梅毒。同治帝对皇后阿鲁特氏情有独钟。但是他的母亲慈禧太后不喜欢皇后阿鲁特氏，要同治帝多亲近慧妃。同治帝不愿意，于是在乾清宫独居。他在苦闷之余，由王庆祺导淫，与载澄微行，在宫外寻花问柳，染上了性病。慈禧太后误当做天花来治，最后同治帝病死，这一说法证据不足。
另外还有一种官方的说话，说同治帝是死于天花。据史料以及时人笔记记载，大部分史学家都认为同治帝确实是死于天花。中国第一历史档案馆的为了澄清历史事实，在《清代档案史料丛编》编纂公布了《同治进药簿》，编者根据宫中所藏《万岁爷天花喜进药用药底簿》中御医对同治帝临死前诊断记录（即脉案）及处方进行研究，认为从这本进药薄的名称，以及从载淳患病到去世的脉案、用药处方，都能够证明是同治帝是因患天花没能治好而去世的。
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