《桃花扇》一剧从其所描写的题材，就决定了它必定包含怀念故国的情感。作者并不回避这一点，在试一出《先声》中通过老赞礼之口说：“昨在太平园中，看一本新出传奇，名为《桃花扇》，就是明朝末年南京近事。借离合之情，写兴亡之感。实事实人，有凭有据。”也即，《桃花扇》虽然以明末复社名士侯方域和秦淮名妓李香君的悲欢离合为主要线索，贯穿全剧，但同时以写实的笔法描写了男女主人公生活的特殊历史背景和社会环境——明末时局动荡、危机四伏，并正面描写了南明弘光朝从建立到灭亡的过程，抒发了浓烈的兴亡之叹。剧作情节不少是依据史实，剧中人物也都用的真名实姓。写这样的题材，尤其是在清代初年，无论怎么写，都不能不说是十分敏感的题材。所以，这部剧作的格局和对故国之思的表达方式，和吴伟业的《秣陵春》传奇大不相同。
再者，以孔尚任的“圣裔”身份和特殊经历，描写明代及南明王朝灭亡这样一个对他内心触动极大的历史变故，很难想象他可以避免流露出强烈的情绪——惋惜明朝的灭亡、缅怀故国的逝去，这在新朝肯定是不合时宜的。《桃花扇》中有几场戏，表现得尤其明显。
概括地说，《桃花扇》里刻画了四类人物群体：其一是江南的复社文人，其二是魏忠贤的余党，其三是镇守江南的武将，其四是南京秦淮河一带旧院的歌伎和艺人。剧中描写的这些社会地位不同的人群，实际没有一个群体有力量担当起挽救危亡的重任。即使是剧中正义的一方，接续东林党的那些复社文人，在明王朝危在旦夕时，也只是在那里议论清谈，至多谴责一下阮大铖这类趋炎附势、只顾私利的人。侯方域等当时享有清誉的文人，在国家危难临头时，还颇有闲情逸致，到秦淮河旧院寻花问柳、流连风月，这最为今天的人不解。但是在当时，却是人们津津乐道的风流佳话。
《桃花扇》花了不少笔墨描写南明弘光王朝佞臣当朝、执政昏暗，“江南四镇”为一己私利争斗、置国家安危于不顾，等等。这些描写意在强调明朝及南明弘光朝的灭亡，其罪责在朝廷上下的文武臣僚护卫不力。不将明朝的灭亡归因于“北军”的进攻及李自成农民军的造反，这符合孔尚任写《桃花扇》的宗旨：探讨明朝三百年基业毁于一旦的原因，其根本原因自然首先在朝廷内部；再者，这也是孔尚任在清朝初年写南明兴亡史所必须注意的。
《桃花扇》在写“四镇”的争斗时，通过那些武将之口，抨击当时的朝政混乱。例如第三十一出《草檄》写侯方域被阮大铖等人拘捕，苏昆生向左良玉求救，左良玉说：
（小生气介）袁、黄二位盟弟，你看朝事如此，可不恨死人也。（外）不特此也。闻得旧妃董氏，跋涉寻来，马、阮不令收认；另藏私人，豫备采选，要图椒房之亲，岂不可杀。（末）还有一件，崇祯太子，七载储君，讲官大臣，确有证据，今欲付之幽囚。人人共愤，皆思寸磔马、阮，以谢先帝。（小生大怒介）我辈戮力疆场，只为报效朝廷；不料信用奸党，杀害正人，日日卖官鬻爵，演舞教歌，一代中兴之君，行的总是亡国之政。只有一个史阁部，颇有忠心，被马、阮内里掣肘，却也依样葫芦。剩俺单身只手，怎去恢复中原。
左良玉等人的这番对话主要指斥马士英、阮大铖掌控下的南明政权不分良莠，任用奸党，镇压正直之士。再如：第三十四出《截矶》写左良玉去南京讨伐奸佞，马、阮听说后马上调了黄得功的军队在坂矶截杀。置汹汹外敌于不顾，一场内战爆发在即。此时黄得功亦是满腔怨怒，他说：
咱家黄得功，表字虎山，一腔忠愤，盖世威名，要与俺弘光皇帝，收复这万里山河。可恨两刘无肘臂之功，一左为腹心之患。今奉江防兵部尚书阮老爷兵牌，调俺驻扎坂矶，堵截左寇，这也不是当耍的。（唤介）家将田雄何在？（副净）有。（末）速传大小三军，听俺号令。（军卒排立呐喊介）【山坡羊】（末）硬邦邦敢要君的渠首，乱纷纷不服王的群寇；软弱弱没气色的至尊，闹喧喧争门户的同朝友。只剩咱一营江上守，正防着战马北来骤，忽报楼船入浦口。貔貅，飞旌旗控上游，戈矛，传烽烟截下流。
此段写黄得功站在自己的角度，自认为英雄盖世，对朝廷忠心耿耿。怎奈朝廷昏暗，以至于自己有心有力却无法发挥，只得去打内战。这类描写，是孔尚任揭示南明弘光朝灭亡的必然性的重要笔墨，对新朝统治者应是没有什么冲撞。不过与此同时，《桃花扇》有的场次正面描写及赞美奋力救亡的英雄史可法，这就表达了强烈的对明朝灭亡的惋惜之情。
例如第三十八出《沉江》，写史可法带领三千兵士，孤军奋战，坚守扬州，直至最后寡不敌众，城被攻破，沉江而死。史可法一出场的唱段《锦缠道》，描写“北兵”杀向扬州那种凶猛杀气，很是惨烈：
《锦缠道》（外扮史可法，毡笠急上）（回头望介）望风烟，杀气重，扬州沸喧；生灵尽席卷，这屠戮皆因我愚忠不转。兵和将，力竭气喘，只落了一堆尸软。俺史可法率三千子弟，死守扬州，那知力尽粮绝，外援不至。北兵今夜攻破北城，俺已满拚自尽。忽然想起明朝三百年社稷，只靠俺一身撑持，岂可效无益之死，舍孤立之君。故此缒下南城，直奔仪真，幸遇一只报船，渡过江来。（指介）那城阙隐隐，便是南京了；可恨老腿酸软，不能走动，如何是好。（惊介）呀！何处走来这匹白骡，待俺骑上，沿江跑去便了。（骑骡，折柳作鞭介）跨上白骡鞯，空江野路，哭声动九原。日近长安远，加鞭，云里指宫殿。
从这段曲词和说白的描写可以看到，“北军”在扬州的杀戮很是凶残。不过，孔尚任似也注意到要将激愤的情绪表达得缓和些，唱词中说到清兵在扬州屠戮是因为史可法的“愚忠不转”，但给人印象更强烈的还是扬州被攻破后满城的血腥情形。
剧情接下来写史可法守扬州失败、逃出扬州城、直至沉江殉国，其间表达的对明朝大势已去的痛惜十分强烈。本来，史可法逃出扬州后打算赶去南京城“护驾”，路上遇到从南京跑出来的太常寺老赞礼，此时史可法和老赞礼的一番对话以及史可法死前的一段唱词最充分地表现了这种情绪：
（外）南京光景如何？（副末）你还不知么，皇帝老子逃去两三日了。目下北兵过江，满城大乱，城门都关的。（外惊介）呵呀，这等去也无益矣！（大哭介）皇天后土，二祖列宗，怎的半壁江山也不能保住呀。（副末惊介）听他哭声，倒像是史阁部。（问介）你是史老爷么？（外）下官便是。你如何认得？（副末）小人是太常寺一个老赞礼，曾在太平门外伺候过老爷的。（外认介）是呀！那日恸哭先帝，便是老兄了。（副末）不敢。请问老爷，为何这般狼狈？（外）今夜扬州失陷，才从城头缒下来的。（副末）要向那里去？（外）原要南京保驾，不想圣上也走了。（顿足哭介）【普天乐】撇下俺断篷船，丢下俺无家犬；叫天呼地千百遍，归无路，进又难前。（登高望介）那滚滚雪浪拍天，流不尽湘累怨。（指介）有了，有了！那便是俺葬身之地。胜黄土，一丈江鱼腹宽展。（看身介）俺史可法亡国罪臣，那容得冠裳而去。（摘帽，脱袍、靴介）摘脱下袍靴冠冕。（副末）我看老爷竟像要寻死的模样。（拉住介）老爷三思，不可短见呀！（外）你看茫茫世界，留着俺史可法何处安放。累死英雄，到此日看江山换主，无可留恋！（跳入江翻滚下介）（副末呆望良久，抱靴、帽、袍服哭叫介）史老爷呀，史老爷呀！好一个尽节忠臣，若不遇着小人，谁知你投江而死呀！（大哭介）
这一段描写为国尽忠的英雄史可法在穷途末路之际、愤然赴死的过程，是《桃花扇》里表达对明朝覆亡的痛惜和对新朝的决绝态度最为强烈的片段之一。这段史可法愤然沉江、为国殉难的情节，是孔尚任在相关史实的基础上作了改造和虚构的结果。历史事实是，明末史可法担任南京兵部尚书一职，崇祯十七年，崇祯帝煤山自缢、明朝灭亡后，福王在南京被拥立，南明弘光王朝建立。在南明弘光王朝存在的短短一年里，史可法任大学士，后以督师为名镇守扬州。清多尔衮曾经致书劝其投降，被史可法拒绝。当清军南下兵临扬州时，多铎又先后五次派人送信向史可法劝降，均被拒绝。扬州城被攻破后，史可法自杀未死，被俘虏，最终不屈被杀。
《桃花扇》里将史可法之死改成兵败后投江自杀，这无疑是出于突出史可法宁死不屈的忠臣形象的考虑，通过“沉江”这一悲壮的情节抒发对明朝的忠贞之情更为直接、更为有力。其中像“皇天后土，二祖列宗，怎的半壁江山也不能保住呀”“撇下俺断篷船，丢下俺无家犬；叫天呼地千百遍，归无路，进又难前”等说白及曲词，抒写史可法对明王朝的依恋以及对明朝廷无力维护国土完整的痛恨，可谓痛心疾首。尤其是史可法投江前说的最后一句话：“到此日看江山换主，无可留恋！”这不仅表现出对明朝覆亡的极度愤懑，还表现出对新朝的完全排斥。唯其对新朝新主如此强烈的抵触，才称得上是一代忠臣烈士。虽然无论什么朝代对忠臣烈士总是持褒扬的态度，而且据说康熙皇帝读了《桃花扇》剧本后，曾摇头叹气曰，南明真是不可能不亡。可是像史可法这样的恋彼斥此的决绝态度，对新朝统治者怎么可能全无触犯呢？
这出戏里的那首著名的《古轮台》曲词，是复社文人侯方域、陈贞慧、吴应箕、柳敬亭等人同唱的曲词。侯方域、陈贞慧等人在史可法投江死后，恰都来到史可法沉江处，大家对着史可法的衣冠沉痛万分，哭拜了一番后唱道：
《古轮台》（合）走江边，满腔愤恨向谁言，老泪风吹面，孤城一片，望救目穿。使尽残兵血战，跳出重围，故国苦恋，谁知歌罢剩空筵。长江一线，吴头楚尾路三千，尽归别姓。雨翻云变，寒涛东卷，万事付空烟。精魂显，大招声逐海天远。
这是表达对忠臣的歌颂、对烈士的缅怀，更表达了亡国后的绝望情绪。“故国苦恋”“长江一线，吴头楚尾路三千，尽归别姓。雨翻云变，寒涛东卷，万事付空烟”等曲词，表达出对于大好山河“尽归别姓”难以接受，新朝的统治者定会觉得不舒服。
《桃花扇》里几次正面描写明朝遗民祭祀崇祯的场景。例如第三十二出《拜坛》，描写乙酉年（公元1645年）三月十九日，系崇祯皇帝赴难周年忌辰，南明弘光朝的文臣武将在南京太平门外设坛祭祀。祭祀中老赞礼读的祝辞中曰：“恸一人之升遐，惩百僚之怠傲，努力庙谟，惴惴忧惧，枕戈饮泣，誓复中原。”随后史可法有一段《朝天子》曲词“万里黄风吹漠沙，何处招魂魄。想翠华，守枯煤山几枝花，对晚雅，江南一半残霞。是当年旧家，孤臣哭拜天涯，似村翁岁腊，似村翁岁腊。”在孔尚任列于《桃花扇》剧前的《桃花扇考据》里，有“三月十九日设坛祭祀崇祯帝”一条，也即这出戏描述的内容有历史事实作为基础。这出戏除了描述史可法这位忠臣对崇祯帝的真诚、沉痛的祭吊，还以讽刺的笔调描写了马士英等佞臣祭祀崇祯时装模作样、并非诚心的情态。总体上看，这出戏通过凭吊明亡时赴难的崇祯皇帝，表达了对偏安江南的不甘，以及“誓复中原”的抱负。
再如第四十出《入道》，描写张瑶星挂冠归山，住在白云庵。在乙酉年（公元1645年）七月十五日，时值中元节，他发起设坛祭祀崇祯。此时距崇祯死过去了一年多。他说道：“这荒山之上，既可读书，又可卧游，从此飞升尸解，亦不算懵懂神仙矣。只有崇祯先帝，深恩未报，还是平生一件缺事。今乃乙酉年七月十五日，广延道众，大建经坛，要与先帝修斋追荐；恰好南京一个老赞礼，约些村中父老，也来搭醮。不免唤出弟子，趁早铺设。”剧中描写的这次七月十五日的祭祀，除了设正坛祭祀崇祯外，还专设了左坛和右坛，分别放置甲申年殉难的文臣和武将的牌位，指名道姓地祭祀甲申殉难的文臣计二十人、武将四人。剧中有两首曲词是为祝辞：“《南画眉序》（外）列仙曹，叩请烈皇下碧霄；舍煤山古树，解却宫绦。且享这椒酒松香，莫恨那流贼闯盗。古来谁保千年业，精灵永留山庙。”“《北出队子》（丑、小生）虔诚祝祷，甲申殉节群僚。绝粒刎颈恨难消，坠井投缳志不挠，此日君臣同醉饱。”《拜坛》和《入道》两场戏都是直接抒写对明朝的追念、凭吊，基调很是悲凉。虽然《南画眉序》曲中有“古来谁保千年业”一类显示超然态度的话，但在整场戏凝重的气氛中，这无疑是故作轻松之词。曲中虽然将崇祯之死、明朝之亡归罪于“流贼闯盗”，不谈“北军”的攻击，但是其中抒发的对崇祯的感恩戴德、思念怀想，表达的“恢复中原”的意愿，与新朝统治者的想法定然是格格不入的。
《入道》的下场诗曰：“白骨清灰长艾萧，桃花扇底送南朝；不因重做兴亡梦，儿女浓情何处消。”尽管这下场诗将话题归结到“儿女情浓”上，似想淡化“兴亡梦”的强度。但从全剧看，《桃花扇》确是“借儿女之情，写兴亡之感”，落脚点是“兴亡之感”。
《桃花扇》里凡是这样的场次，孔尚任抒发对明朝覆亡的痛惜及对崇祯的追思并不加掩饰，应是情之所至，不吐不快。最脍炙人口的如续四十出《余韵》中的《哀江南》套曲的最后几句：“残山梦最真，旧境丢难掉，不信这舆图换稿。诌一套哀江南，放悲声唱到老。”这亦是直言不讳地追思前朝，甚至明确说不相信已江山换主、朝代改换，并宣称追念明朝的情感至死不渝。无论是《沉江》，还是《拜坛》《入道》，还有剧作结尾《余韵》中的《哀江南》套曲等，可谓极尽渲染之能事，充分发挥了剧作者的文学及戏剧的创作才能，将怀念明朝故国的怀念之情，抒写到了极致。
前面谈到，直抒对明朝覆亡的痛惜，是演绎南明弘光王朝的兴亡这个题材很难避免的内容。也即《桃花扇》所表现的强烈的故国之思，在选择描写这一题材时就决定了。孔尚任写《桃花扇》之前，作有《小忽雷》传奇。《小忽雷》写唐文宗时琵琶手郑盈盈和梁厚本的爱情故事，虽然其中男女主人公的悲欢离合也有政治斗争的背景，但与《桃花扇》大不相同，与吴伟业的《秣陵春》也很不相同。其中没有表现故国之思和兴亡之叹，哪怕是委婉地表达也没有。确实，孔尚任写南明弘光朝的兴亡史，抒发故国之思，不是偶然的决定。他写这一题材的打算很早就有了。在《桃花扇本末》里，孔尚任说到他写《桃花扇》的原委：“予未仕时，每拟作此传奇，恐闻见未广，有乖信史；寤歌之余，仅画其轮廓，实未饰其藻采也。然独好夸于密友曰：‘吾有《桃花扇》传奇，尚秘之枕中。’及索米长安，与僚辈饮，亦往往及之。又十余年，兴已阑矣，少司农田纶霞先生来京，每见必握手索览。予不得已，乃挑灯填词，以塞其求；凡三易稿而书成，盖己卯之六月也。”己卯年，即康熙三十八年（公元1699年），孔尚任年轻时就深藏心中的一个夙愿，在这年的六月终于完成了。数十年一直在构思的《桃花扇》传奇，在剧作家年过半百、五十一岁时才写成问世，这当然是一部经过深思熟虑而后诞生的剧作。
说到底，围绕孔尚任写《桃花扇》，最费思量的是两个问题。其一，孔尚任虽然自幼受到前辈的教育和影响，对明清鼎革怀有特殊的感想，立志编写反映南明弘光朝兴亡历史的剧作，可是，在清朝立国之初，他就不顾忌这会对新朝有触犯吗？其二，对于康熙皇帝给予的特殊恩遇，孔尚任感激万分，这在他写于康熙二十四年（公元1685年）的《出山异数记》表达得很充分，这与《桃花扇》里抒发的强烈追念明朝的情感，终归是有矛盾的。每每读《桃花扇》时，就会想到这两个问题。对于这两个问题，也许应该结合起来考虑。孔尚任“圣裔”的身份，自幼受到的教育，形成的情感及观念，无论人生有怎样的际遇，都无法从根本上改变。这就决定了《桃花扇》这部传奇终究要在孔尚任手中诞生。也许正是因为康熙皇帝对他的特殊眷顾，令他认为《桃花扇》中抒写的对明朝的情感，会被当朝统治者包容。
《桃花扇》在刚问世的那几年，频繁上演，孔尚任的《桃花扇本末》里就记载了康熙己卯年（公元1699年）除夜在吏部尚书、武英殿大学士李天馥家、康熙庚辰年（公元1700年）四月在李木庵总宪家、康熙丙戌（公元1706年）年在刘两峰太守家，在清初宰相李霨的寄园等几次他亲自观看了的《桃花扇》演出，并说那段时间：“长安之演《桃花扇》者，岁无虚日。独寄园一席，最为繁盛。”在后来的雍正、乾隆朝，《桃花扇》少有演出的记载。黄文旸《曲海目》“国朝传奇”里，所录第一个剧目即是吴伟业的《秣陵春》，也录有《长生殿》，但没有著录《桃花扇》。乾隆末年叶堂的《纳书楹曲谱》正集中收录了《桃花扇》中《访翠》《寄扇》《题画》三出戏，可知只有这三出戏后来还作为折子戏演出。前述《桃花扇本末》里曾记己卯年除夜李天馥相国家演《桃花扇》时，“唱《题画》一折，尤得神解也。”可知《题画》等几出戏舞台效果较好。但是，乾隆年间流行的戏曲折子戏选本《缀白裘》没有选录一出《桃花扇》的折子戏，而选录了《长生殿》的许多单折。不少人认为，因为孔尚任是山东人，对昆曲音律欠精通，故而《桃花扇》难以付诸场上演出。的确，这应该是《桃花扇》在戏曲舞台上销声匿迹的原因之一。不过，其描写的题材和强烈的对前朝的感怀情绪，应该也是一个不能广泛演出的原因吧。
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