顺治初年，东南沿海及两广、云贵是当时抗清斗争的主要活动地区，情况错综复杂，危及清的统治。为了适应当时政治和军事斗争的需要，清廷命汉族名将吴三桂以平西王的身份镇守云、贵，尚可喜以平南王的身份管理广东，耿精忠以靖南王的身份统辖福建，并称“三藩”。
随着时间的延长，三藩的势力不断增长，各自拥兵自重，形成了一股与中央抗衡的强大力量，与清廷的矛盾也更加尖锐。康熙皇帝在亲政之初，就把三藩同河务、漕运列为三件大事。他把解决三藩列为必须解决的三件大事中的第一件事，时刻思虑裁撤的时机与办法。
虽然康熙帝早就有了撤藩的意向，但由于三藩实力强大，不便贸然采取行动，以防不测。康熙十二年（公元1673年）三月，已经看出朝廷意图的尚可喜首先提出撤藩，上疏朝廷，请求归老辽东。这为久思撤藩的康熙帝提供了一个难得的良机。康熙帝顺水推舟，立即批准，并对他大加赞誉。尚可喜本来的意图是自己回东北以保善终，让儿子尚之信留镇广州，承袭自己的位置。但康熙认为撤藩必须彻底，不能留下后患，于是拒绝了他的要求。尚可喜无奈，只好服从了命令，开始准备迁移。
吴三桂得到尚可喜被撤藩的消息后，非常震惊。这时吴三桂的儿子吴应熊从京师派人驰书给吴三桂，要他依计而行。吴三桂经过反复思忖，只好也上疏请求撤藩。但吴三桂认为自己势力大，而且功劳多，朝廷不会撤去他的位置。与此同时，耿精忠也给朝廷上了一份撤藩奏疏。
康熙帝认为这是难得的机遇，准备一概批准奏疏。但对是否让吴三桂撤藩，朝臣中产生了不同意见。只有户部尚书米思翰、兵部尚书明珠等人赞成康熙帝的决策，大多数朝臣持反对意见，大学士图海、索额图等大臣担心引发兵变，反对让吴三桂撤藩。这个时候，康熙帝令议政王大臣会同户、兵两部讨论，但始终没能取得统一意见。而康熙早就考虑成熟了，他明白三藩蓄谋已久，不早撤，必然养痈成患。康熙帝力排众议，正式做出撤藩的决定。
于是康熙帝下诏给吴三桂，在肯定他的巨大功绩之后，便以吴三桂年事已高等允准了他的奏疏。他向吴三桂保证，撤藩后，可使吴三桂永葆荣誉，共享太平之福。
但是，由于吴三桂申请撤藩并非出自真心实意，当撤藩的诏旨送到云南后，他震惊、失望，更气恼。吴三桂立即与其党羽密谋起兵，并开始为起兵做准备，调集人马，断绝邮传，封锁消息，暗令境内只许入而不许出。
同年十一月二十一日，吴三桂杀死云南巡抚朱国治，逼使云贵总督甘文焜自杀，同时扣留了康熙的使臣折尔肯等，正式起兵反清。为了笼络民心，他脱下清朝王爵的穿戴，换上明朝将军的盔甲，打起了为明王朝报仇雪恨的旗号。当吴三桂起兵的消息传到北京后，清廷上下为之震惊。
吴三桂的叛乱，早在康熙皇帝的意料之中。刚刚20岁的康熙，与久经沙场的吴三桂对峙，初期不免有些紧张。但他很快就冷静下来，着手从容应对。
康熙帝首先杀死在京的吴三桂的儿子，以坚定削藩抗吴的决心。同时增派八旗精锐前往咽喉要地荆州固守，并通知广州与福州两藩停撤，以孤立吴三桂，另一方面，将散布各地的原属吴三桂的官员一律赦免，以利大局稳定。
吴三桂挥军北进时，清政府在军事上还没有充分的准备，所以吴军进展很快，福建耿精忠举兵攻略江西、浙江等地时，吴三桂的前锋已抵长江南岸，与清军形成了隔江对峙的局面。仅一年的时间，吴三桂就占据了江南。与此同时，四川、山西、陕西、甘肃诸省也发生了叛乱。
面对复杂的形势，康熙帝处乱不惊，运筹帷幄，指授方略，决心赢得战争的完全胜利。
战争发展到康熙十四年（公元1675年），吴三桂军的战略进攻达到了顶峰，形成了耿精忠控制的福建、浙江、江西为一面；四川、陕西、山西、甘肃为另一面，特别是陕西提督王辅臣的叛变对京师的威胁最大。在这种形势下，康熙制定了明确的战略方针：清军以荆州为战略立足点，与湖南战场的吴军主力周旋，不攻；决定先解决耿精忠、王辅臣两股势力，然后再集中兵力同吴军决战。
王辅臣，山西人，强盗出身，骁勇善战。顺治年间就曾反叛过清廷，后来归降，到了吴三桂手下当差，吴三桂待他不薄。
但是王辅臣却对吴三桂不满。一次酒后，王辅臣骂了吴三桂的侄子吴应麒。吴三桂让人捎话责备王辅臣，说：你这是什么意思？惹得别人笑话我，说我吴三桂平日对你爱如亲子，你现在却如此放肆，岂不贻笑天下！再也不要说这种话了。
王辅臣听后不以为然，就找机会离开了吴三桂，到陕西任提督。吴三桂对此很理解，还送给他两万银子做路费。
吴三桂反清后，极力拉拢王辅臣，王辅臣感念吴三桂的旧恩，又回头上了吴三桂的贼船。根据这一情形，康熙认为王辅臣虽然是第二次叛变清朝，但叛心不坚，假如再度宽容，相信能招抚成功。为此他专敕慰勉，最终感化了王辅臣，使他重新归顺了朝廷。
继西北招抚成功之后，福建耿精忠也被招抚归降，闽、浙相继平定。康熙十六年（公元1677年）四月，后叛的尚之信也被招抚归降。同年六月，康熙向各地统帅、督抚部署：凡在贼中文武官员兵民，悔罪归正，前事悉赦不问，仍照常加恩。如果有擒杀贼者，投献军前，或者以城池兵马归抚者，仍论功奖赏。依此形成制度，每到战役关键时刻，康熙帝都发招降敕书，由专门负责招抚的人掌管送达，可以说是攻心战。
康熙帝采取的又一项重要政策是重用汉兵汉将，他们为平叛发挥了重大作用。吴三桂在失去耿、尚两藩支援后，处境孤立，匆忙于康熙十七年（公元1678年）三月在衡州称帝，国号大周。八月，七十四岁的吴三桂得病暴亡。吴世璠即位，但他根本无力统领军队，吴军纷纷大溃败。康熙则有条不紊地指挥命令各路军队，乘胜追杀。
这时，清军已进入湖南，将长沙之敌包围，并从水陆两路进攻岳州。在派兵几路围讨的同时，为了尽快结束战争，康熙采取了恩威并施的策略，劝诱叛军投降。他给叛将写了招抚的谕旨，争取他们投诚，并取得了明显的效果。康熙二十年（公元1681年）十一月，清军终于打破昆明城，吴世璠服毒自杀，其党羽四散。这场历时八年的三藩叛乱，以吴三桂的覆灭而告终。
在这场生死攸关的战争中，康熙沉着冷静，从容应对，最终取得了决定性的胜利。康熙取得这次胜利的原因有二。其一：舆论优势。清朝到康熙朝时，天下已定，人心归附，百姓不愿再起战争，想过安定的生活，所以，吴三桂起兵反清并不得人心。其二：策略得当。擒贼擒王，康熙知道，以吴三桂为首的三藩之乱的总根子是吴三桂，只要将吴三桂打败，其余二藩不战自溃，所以调重兵对吴三桂予以痛击，果然成功平叛。
智慧总结
处乱不惊、从容应变是稳健的表现，这种“稳”体现了良好的心理素质，没有良好的心理素质就无法胜任解决突发危机的艰巨工作。年轻的康熙，面对来势汹汹的三藩之乱，非常沉着冷静，制定了相应的策略，表现了一个优秀政治家的从容和气魄。
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