朱元璋经过艰苦卓绝的战争，建立了明朝。做了皇帝后，朱元璋立长子朱标为太子，不料，朱标在洪武二十五年（公元1392年）因病去世。于是，朱元璋立朱标的第二个儿子朱允炆为皇太孙。朱元璋死后，朱允炆继承帝位，年号建文，史称建文帝。
朱允炆做皇帝时已二十多岁，在中国古代继承帝位的皇帝中，他这个年龄不算小。朱允炆也算得上是聪明能干的人，明朝又处于国势上升时期，按常理说，他应该做个太平天子。可是，他只做了五年皇帝，便被赶下了帝座，取而代之的是他的叔父朱棣。原来，他即皇帝位时，他爷爷朱元璋给他留下了一个封建统治者最忌讳的难题：尾大不掉。
原来，朱元璋建国后害怕有人起异心，于是分别封自己的几个儿子做藩王带兵驻守各地，这就形成了这些藩王拥兵自重的现象。朱元璋活着的时候，这些藩王倒还安分守己，可朱元璋一死，这些藩王就开始蠢蠢欲动。其中野心最大、实力最大的当属燕王朱棣。朱棣是朱元璋的第四子，英勇善战，且有智谋。明朝建国后，受封燕王，驻军在北平（今北京）。
聪明的朱允炆早在做皇太孙时就预料将来各位叔叔是自己的对头，曾和侍读太常卿黄太澄语及此事。做皇帝后，朱允炆在不到一年的时间里，先后削夺了除燕王以外其他五个叔叔的爵位、权力。对这些藩王的处理，朱允炆干净利落。唯独对后来夺了他天下的燕王朱棣，小皇帝朱允炆优柔寡断，一误再误，最后自己终于痛失皇帝宝座。
在削藩之初，朱允炆曾和朝臣仔细分析如何削藩。最后采纳黄子澄、齐泰建议，避强就弱，先削夺了其余诸王。而燕王朱棣据地最险要，政治军事经验最丰富，本来就因朱允炆不允许他进京师奔朱元璋之丧而不满，又见其余兄弟被夺藩，自然兔死狐悲，更加警觉且怀异志。于是叔侄之间的矛盾日趋尖锐。朱允炆用黄、齐二人之计，提升北平军官张（日丙bing）、谢贵官职，密诏二人监视燕王朱棣。
建文元年（公元1399年）正月，燕王派使者葛诚到京师述职，朱允炆密问燕王府中动静，葛诚以朱棣心怀异志的实情相告，朱允炆又密嘱葛诚回北平后作为朝廷的内应。葛诚回北平后，朱棣已看出他表情有异，心中动疑。这样，双方矛盾更加明朗，可谓一触即发。
但是，同年二月，朱棣亲自到京师朝见朱允炆，“行皇道入，登陛不拜”。没见到面时，双方仇视提防；见了面，朱允炆反倒仁柔起来。
朱棣觐见，走皇帝专用的道路，又不对新皇下拜，这是对皇帝的大不敬，当时，有御史官弹劾此事，朱允炆竟轻描淡写地说：“至亲勿问。”户部侍郎卓敬密奏：“燕王智虑绝人，酷类先帝。夫北平者强干之地，金元所由兴也，宜徙封南昌，以绝祸本。”朱允炆竟将这至关重要的奏章藏了下来，第二天对卓敬说：“燕王骨肉至亲，何得及此？”
这次朱棣入朝，时间长达一个月，龙离深渊，虎落平原，这时朱允炆对朱棣或捕或杀，都是一句圣旨的事。然而，小皇帝硬是大谈什么“骨肉之至亲”，以至于朱棣平平安安地回到了北平。同年四月，朱允炆又一次轻易放弃了控制朱棣的最后王牌：将朱棣的世子朱高炽、儿子朱高熙、朱高燧放回了北平。
原来，朱元璋临死遗嘱，要亲王或亲王之子来京服丧三年，这时朱棣准备谋反，以病重要见孩子为借口，向朱允炆请求，允许留在京师的世子和其他两个儿子回北平，朱允炆竟然应允。朱棣见了自己的儿子后，大喜曰：“吾父子复得相聚，天赞我也。”于是决心谋反。
同年七月癸酉（公元1399年8月6日），燕王朱棣诱杀了朱允炆安在北平的近臣，公开反叛。出兵的理由是：清君侧。说齐泰、黄子澄是奸臣，他要按先帝祖训起兵讨伐奸臣。朱允炆也不敢怠慢，调兵遣将平叛。直至此时，朱允炆还荒唐之极。他对前去平叛的将帅下了一道可笑的圣旨：对朱棣只能活捉不能杀死，以免“负杀叔父之名”。这场叔侄间的较量持续三年，最后以朱允炆战败，朱棣全胜而告终。燕王朱棣终于攻占了京师，做了皇帝，即历史上的明成祖。
仁柔寡断的建文帝朱允炆，乘兵乱逃出了京师，从此下落不明。
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