复辟的事既然了结，北京表面上安静如常，一切都恢复原状，北京大学也照常的办下去，到天津去避难的蔡校长也就回来了，因为七月三十一日的记上载着至大学访蔡先生的事情。九月四日记着大学聘书，这张聘书却经历了四十七年的岁月，至今存在，这是很难得的事情，上面写着“敬聘某某先生为文科教授，兼国史编纂处纂辑员”，月薪记得是教授初级为二百四十元，随后可以加到二百八十元为止。到第二年（一九一八）四月却改变章程，由大学评议会议决“教员延聘施行细则”，规定聘书计分两种，第一年初聘系试用性质，有效期间为一学年，至第二年六月致送续聘书，这才长期有效。施行细则关于“续聘书”有这几项的说明：
“六、每年六月一日至六月十五日为更新初聘书之期，其续聘书之程式如左，敬续聘某先生为某科教授，此订。
七、教授若至六月十六日尚未接本校续聘书，即作为解约。
八、续聘书止送一次，不定期限。”这样的办法其实是很好的，对于教员很是尊重，也很客气，在蔡氏“教授治校”的原则下也正合理，实行了多年没有什么流弊。但是物极必反，到了北伐成功，北京大学由蒋梦麟当校长，胡适之当文科学长的时代，这却又有了变更；即自民国十八年（一九二九）以后仍改为每年发聘书，如到了学年末不曾收到新的聘书，那就算是解了聘了。在学校方面，生怕如照从前的办法，有不合适的教授拿着无限期的聘书，学校要解约时硬不肯走，所以改用了这个办法，比较可以运用自如了罢。其实也不尽然，这原在人不在办法，和平的人就是拿着无限期聘书，也会不则一声的走了；激烈的虽是期限已满，也还要争执，不肯罢休的。许之衡便是前者的实例，林损（公铎）则属于后者，他在被辞退之后，大写其抗议的文章，在《世界日报》上发表的致胡博士的信中，“遗我一矢”之语，但是胡博士并不回答，所以这事也就不久平息了。
蔡孑民在民国元年（一九一二）南京临时政府任教育总长的时候，首先即停止祭孔，其次是北京大学废去经科，正式定名为文科，这两件事情在中国的影响极大，是绝不可估计得太低的。中国的封建旧势力依靠孔子圣道的定名，横行了多少年，现在一股脑儿的推倒在地上，便失了威信，虽然它几次想卷土重来，但这有如废帝的复辟，却终于不能成了。蔡孑民虽是科举出身，但他能够毅然决然冲破这重樊篱，不可不说是难能可贵。后来北大旧人仿“柏梁台”做联句，分咏新旧人物，其说蔡孑民的一句是，“毁孔子庙罢其祀”，可说是能得要领，其余咏陈独秀胡适之诸人的惜已忘记，只记得有一句是说黄侃（季刚）的，却还记得，这是“八部书外皆狗屁”，也是适如其分。黄季刚是章太炎门下的弟子，平日专攻击弄新文学的人们，所服膺的是八部古书，既是《毛诗》《左传》《周礼》《说文解字》《广韵》《史记》《汉书》《文选》是也。蔡孑民的办大学，主张学术平等，设立英法日德俄各国文学系，俾得多了解各国文化。他又主张男女平等，大学开放，使女生得以入学。他的思想办法有人戏称之为古今中外派，或以为近于折衷，实则无宁说是兼容并包，可知其并非是偏激一流，我故以为是真正儒家，其与前人不同者，只是收容近世的西欧学问，使儒家本有的常识更益增强，持此以判断事物，以合理为止，所以即可目为唯理主义。《蔡孑民先生言行录》二册，辑成于民国八九年顷，去今已有四十年，但仍为最好的结集；如或肯去虚心一读，当信吾言不谬。旧业师寿洙邻先生是教我读四书的先生，近得见其评语，题在《言行录》面上者，计有两则云：
“孑民学问道德之纯粹高深，和平中正，而世多訾嗷，诚如庄子所谓纯纯常常，乃比于狂者矣。
孑民道德学问，集古今中外之大成，而实践之，加以不择壤流，不耻下问之大度，可谓伟大矣。”
寿先生平常不大称赞人，唯独对于蔡孑民不惜予以极度的赞美，这也并非偶然的，盖因蔡孑民素主张无政府共产，绍兴人士造作种种谣言，加以毁谤事实，证明却乃正相反，这有如蔡孑民自己所说，“唯男女之间一毫不苟者，夫然后可以言废婚姻。”其古今中外派的学说看似可笑，但在那时代与境地却大大的发挥了它的作用，因为这种宽容的态度，正与统一思想相反，可以容得新思想长成发达起来。
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